对于窦性心律不齐的患者，必须到医院去明确导致窦性心律不齐的原发病。根据原发病选择首选药物治疗，属于最佳的治疗方式，例如窦性心律不齐属于心脏器质性的病变，可以进行首选药物为β受体阻滞剂，例如患者可以选择酒石酸美托洛尔或琥珀酸美托洛尔，但是服药前必须明确患者是否有禁忌症，例如严重的心动过缓、严重的心率衰竭或者支气管哮喘、急性肺水肿等都属于β受体的阻滞剂，如果没有上述严重的不良反应时是可以适当应用的。对于窦性心律不齐合并严重的窦性心动过缓时，也可以适当应用阿托品，但是无论选择何种药物进行治疗，一定要先明确导致窦性心律不齐的原发病。
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