子宫内膜异位症的症状主要表现为下腹痛、痛经、不孕、性交不适、月经异常等。治疗目的在于缩减和去除病灶、减轻和控制疼痛、治疗和促进生育、预防和减少复发。
症状轻或者无症状的轻微病变患者可采取期待治疗，如定期复查，并对症处理病变引起的轻微痛经，可服用非甾体类抗炎药如吲哚美辛、双氯芬酸、布洛芬等。但对于希望生育的患者一般不用期待疗法，应尽早促使其妊娠，妊娠之后，异位的子宫内膜病灶萎缩，分娩之后症状会有所缓解甚至治愈。
但是非甾体类抗炎药仅能缓解症状，不能阻止病情进展，可使用激素类药物如口服避孕药、孕激素、米非司酮、孕三烯酮、达那唑等控制症状，延缓病情进展，也可减少手术并发症、防止术后复发。
对于药物治疗后症状不缓解、局部病变加剧、生育功能未恢复或较大的卵巢内膜异位囊肿患者，则需采取手术治疗，目前首选腹腔镜手术，常用的手术方式包括保留生育功能手术、保留卵巢功能手术以及根治性手术等。术前3-6个月，一般需要先服用药物，使病灶缩小，从而减少手术范围。对于保守性手术、手术不彻底或术后疼痛不缓解的患者，术后需服用6个月的药物治疗，推迟复发。
