新型冠状病毒肺炎传染源为感染者和无症状携带者，无症状携带者即隐性感染者，无表现症状，但其病毒载量较高，具有传染性。病毒中间宿主或自然宿主还未明确，目前认为最大可能是存在于蝙蝠身上，目前已在很多蝙蝠身上发现了与新型冠状病毒基因相近的冠状病毒，但并非完全相似。可能还存在中间宿主，如穿山甲、乌龟、蛇等，但均未得到确认，尚未发现哪种动物身上携带的病毒和新型冠状病毒完全一致，即真正的中间宿主还未找到。
疫情最早的传染源仅为推测，不一定是在武汉的华南海鲜市场，甚至不一定是在武汉，不一定是中国，可能还有其它起源地。
