新冠状病毒的来源据目前研究发现，新冠病毒的核酸序列跟蝙蝠身上的冠状病毒基因相似，新冠状病毒的基因序列跟SASR、中东呼吸综合征这两种冠状病毒的同源性达到了85％，目前考虑可能最早时病毒来源于蝙蝠，经过中间宿主如穿山甲的过渡，传到人类身上。
在人类中适应之后，再造成人和人之间的传播，但目前还没有完全明确病毒的真正来源，还需要进一步研究。
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