脑干梗死是指的脑干部位出现脑梗死，大脑分为不同的区域，即大脑半球、丘脑、间脑、脑干、小脑等等分为不同的区域。脑干是指的一个部位，这个部位是比较重要的部位，人的生命中枢所在地，呼吸、循环中枢都在这个地方，所以脑干梗死往往提示的患者的病情很重。脑干是比较关键的部位，大脑皮层发出的纤维都要通过脑干传送到全身，如果这个部位出现梗死，大脑皮层传出纤维就会中断，会导致严重的全身不能动，就是全身的瘫痪，所以脑干梗死往往代表病情比较严重。
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