近年来，随着技术、设备、器械的不断进步，神经内镜技术已成为微创神经外科技术的一个重要分支，在许多常见神经外科疾病的治疗中，发挥着越来越重要的作用。
目前，神经内镜技术主要应用于以下疾病：
1、梗阻性脑积水
梗阻性脑积水是神经外科的常见病，以往多采用脑室-腹腔分流术，虽广泛用于临床且效果满意，但感染、分流管堵塞、过度分流等并发症不容忽视。随着神经内镜技术的发展，神经内镜下第三脑室底造瘘术（ETV）已成为治疗梗阻性脑积水的主要方法。该技术更接近脑脊液循环的生理状态，避免了植入分流管及其相关并发症。应用神经内镜治疗脑积水的手术还包括导水管成形术、透明隔造瘘术、脉络丛烧灼术等。神经内镜还可应用在脑室-腹腔分流术中辅以内镜在直视下放置分流管。脑室-腹腔分流术后出现分流管功能障碍时，还可借助神经内镜进行脑室端分流管的调整或拔除，降低了发生脑室内出血的可能性。
2、颅内蛛网膜囊肿：
常用的手术方法包括囊肿-腹腔分流术、开颅显微手术及内镜手术。神经内镜可在直视下行“囊肿壁部分切除+囊肿-脑池造瘘术”。术中采用小切口小骨瓣，应用神经内镜行囊壁大部切除，囊壁造瘘，使囊肿腔与脑池或蛛网膜下腔交通。与其他手术相比，具有手术时间短、创伤小等优点；也可避免分流手术可能出现的感染、永久性植入异物、分流管堵塞等并发症。
3、垂体瘤：内镜辅助或全内镜经单鼻孔-蝶窦显微外科垂体腺瘤切除手术被越来越多的神经外科医师所接受和掌握。神经内镜手术具有视野好、创伤小、并发症少等优点。神经内镜经单鼻孔-蝶窦切除垂体腺瘤手术虽为一门新的技术，但通过系统培训，严格掌握适应症，术中精细操作尽可能避免意外发生，随着术者经验的积累和手术技巧的提高，神经内镜切除垂体腺瘤可以成为一种微创，安全和有效的方法。。
4、其他疾病：如脑出血、脊髓脊柱疾病、脑室内囊虫病、脑脊液鼻漏、脑室炎、脑脓肿、视神经管减压术、面肌痉挛和三叉神经痛微血管减压
