病毒性脑炎的诊断主要是临床加试验室的诊断。比如病人的临床症状，它的发病过程，比如是不是有头痛、呕吐、抽搐、发热、意识障碍、精神萎靡等等这些临床表现，甚至是出现一些神经定位的症状。比如一侧的肢体无力，或者不止单单测单肢体的无力，可能是病毒性脑炎的症状。体格检查，比如颈抵抗脑膜刺激症的阳性，然后再结合一些试验室的检查，特别是腰穿做脑积液的检查，脑积液跟主要检查，作用就是跟其他一些类型的中枢神经系统感染。比如细菌性的脑膜炎，结核性的脑膜炎相鉴别。总之，病毒性脑炎的诊断是临床加试验室再加上排他性的诊断综合作出来的。
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