根管治疗失败后首选根管再治疗，成功率一般在60%以上，只有少数病例需要进行根尖手术。根尖手术的适应症主要是因为解剖因素引起的情况，比如根管钙化、根管严重弯曲等，不能进行完善的根管治疗，或者根尖吸收明显、炎症不能控制的情况。另外，治疗中的一些意外，比如器械折断、穿孔、肩台或者充填物超出根尖孔等，造成根管治疗失败，也需要进行根尖手术。根管治疗后有症状持续，但是根管治疗是比较完善的情况，需要进行根尖手术探查，寻找以及处理可能的原因，比如遗漏根管、根尖分叉或者牙根隐裂等。
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