艾滋病晚期，患者主要出现免疫系统的全面衰退，面临各种感染以及肿瘤的情况。患者会出现全身症状，包括高热、周期性的发热以及盗汗，全身肌肉的疼痛。有些患者也可以出现头痛，可能与病毒侵犯神经系统相关，有3/4的患者会出现脾肿大。
在艾滋病晚期由于免疫系统极度下降，会出现各种感染，患者的腋窝或者腹股沟部位会出现大量细菌感染的表现，有时还会出现真菌感染的情况。表现为口腔黏膜的溃疡、糜烂，还有机会感染比较严重的致命性感染，比如肺部的孢子虫感染以及各种致命性的肿瘤。艾滋病的终末期，免疫系统全面崩溃，病人会出现各种严重的综合征，直至多脏器功能衰竭而死亡。
