注射用更昔洛韦是抗病毒药物，在使用之后最常见还有最严重的药物不良反应，就是可能会出现血液学不良反应，表现为中性粒细胞的减少、贫血以及血小板减少。另外在HIV患者中更常会报告出现发热、念珠菌感染，以及抑郁、重度中性粒细胞减少症、皮肤反应。
对于在器官移植的受体中，因为这个药物可以用于器官移植受者的抗病毒预防，可能会出现肝功能或者肾功能损伤的报告。这个药物给药之后需要先重视血液学的毒性，另外要注意有没有感染，或者肝肾功能损伤的情况发生。
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