备孕的男女，吸烟，饮酒，作息不规律，造成精子和卵子质量不佳，容易导致后期的发育异常。
妇女妊娠时，服用药物，病毒感染，生活在污染的环境中，射线的辐射，都会造成胎儿心脏发育异常，尤其是妊娠前三个月，感染风疹病毒，导致先天性心脏病的几率相当高。
高龄孕产妇，也会因为身体的原因，导致胎儿心脏发育异常。
早产儿也是先天性心脏病的病因之一，先天性心脏病还有一定程度的家族遗传史。
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