有些淋病患者经过正规治疗后仍有尿道炎的症状，尿道口虽然没有了脓液，但仍有稀薄的分泌物，出现这种现象最常见的原因是患者在染上淋球菌的同时，也染上了其他菌的感染，造成非淋菌性尿道炎。
造成非淋菌性尿道炎最常见的病原体是衣原体。目前将衣原体所引起的非淋菌性尿道炎称为衣原体性尿道炎。此外，念珠菌、阴道毛滴虫等引起的尿道炎也是常见的，在我国，近年来非淋球菌性尿道炎的发病人数明显增多，应引起我们的高度重视。
与淋菌性尿道炎相比，非淋菌性尿道炎有两个特点：
1、发病慢，症状轻。在不洁性交后，要经过1～3周的潜伏期才出现非淋菌性尿道炎的症状，而不像淋病那样，只需3～5天就出现症状。
2、非淋菌性尿道炎的症状较淋病要轻，在男性典型表现为尿道有刺痛或烧灼感，伴有轻至中度的尿急、尿痛及排尿困难，尿道口有些红肿、有稀薄的分泌物。早晨首次排尿时可因分泌物成糊状封住了尿道口，在内裤上也常可见到自尿道口逸出的分泌物。检查时，沿尿道口方向挤压阴茎，可挤出少许黏液性分泌物。需要指出的是约1/3男性患者症状不明显，甚至无症状。
男性主要的合并症是附睾炎，患者附睾肿大，触之疼痛。附睾炎常为单侧性，有时同侧的睾丸亦发生炎症，阴囊肿胀疼痛。炎症使输精管增粗，如不及时治疗，那么反复发作可因炎症发生纤维化，导致输精管堵塞。若双侧堵塞可造成男性不育。
前列腺炎是又一个常见合并症。急性期时，前列腺红肿充血。肿大的前列腺压迫尿道使患者出现排尿困难，尿流变细、中断、尿时疼痛等不适。检查前列腺有明显的压痛，取前列腺液检查可见有多数白细胞。临床上更多见的是慢性前列腺炎，患者经常感到下腹部、会阴部不舒服，有重坠感，有时尿道口有少许分泌物。
患了非淋菌性尿道炎，男性患者的症状远比女性患者要明显，因此在医院见到的非淋菌性尿道炎绝大多数为男性。患者的爱人或性伴可能患有非淋菌性宫颈炎，因症状不突出不来治疗，结果是男方经过治疗治愈不久又复发，有的人反复治反复犯。因此当夫妻双方一方患了非淋菌性尿道炎，另一方应去医院检查，必要时应同时接受治疗。
