肛周脓肿的手术多为急诊手术，手术目的是脓肿切开排脓，降低脓腔压力，并对脓肿内口进行较为彻底的清创，避免形成肛瘘。
而肛瘘的手术多为择期手术，是要清除肛瘘瘘道，愈合创面，多采用肛瘘挂线手术，术中需要对瘘道进行彻底的搔刮。
另外，肛瘘根据其复杂性，有不同的手术方式，如肛瘘切除术、肛瘘拖线灌洗术和肛瘘挂线术等。
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