治疗卵巢囊肿前要区别卵巢囊肿是生理性的还是病理性的。卵巢每个月都会排卵，排卵以后会形成黄体。如果是在卵巢滤泡长大时，排卵前形成的滤泡囊肿，或者排卵后随黄体长大形成的黄体囊肿，叫生理性囊肿，一般不会超过5cm，而且随着月经周期变化而变化。比如囊肿发现时可能有2-3cm，但月经过后就自行消失，就叫做生理性囊肿。
病理性囊肿是长出一个瘤，最常见上皮细胞来源，也有生殖细胞来源，还有比较特殊的巧克力囊肿。巧克力囊肿是子宫内膜异位形成的陈旧性积血被包裹后产生的囊肿。病理性囊肿通常需要手术治疗。病理性囊肿和生理性囊肿的区别主要在于一般生理性囊肿会随着月经周期消失，而且不会长得很大。如果超过5cm，随着月经也不消失，要考虑病理性囊肿，需要就诊。
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