青春早期和育龄初期，当发生鳞状上皮化生，感染HPV病毒可以诱导新转化的细胞发生改变，病毒颗粒会整合到人体细胞DNA中。如果病毒持续存在，可能导致癌前病变，而后细胞失去正常的调控发生癌变。
从HPV感染发展到癌症的时间各有不同。有60％或更多的轻度不典型增生会自然消退，只有大约10％在2~4年发展成中、重度不典型增生，在一些病例中，中、重度不典型增生可能不需要经过轻度不典型增生。低于50％的重度不典型增生可进展为浸润性癌，年轻妇女发展为浸润癌的几率更低。
通常轻度的不典型增生经过10~20年的自然演进过程方发展成为癌。因此子宫颈癌在相对早期是可以防治的癌症，为筛查提供了条件。
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