无痛肠镜就是患者首先要进行麻醉，由麻醉医生给予镇静催眠的药物，患者相当于是在睡眠状态下完成检查，最大程度的可以避免肠镜检查过程当中，引起的腹胀、恶心、干呕等相关症状，配合度大大增加，有利于更加细致明确的观察肠道病变。普通肠镜就是没有麻醉状态，患者是完全清醒的状态，医生在操作过程当中会告诉病人配合非常重要，因为如果患者配合不好，腹壁会特别紧张，这时候会严重影响医生的进镜，进而会影响到对于病变的观察。所以如果条件允许，主要是经济条件，建议患者还是选择无痛肠镜。
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