阿莫西林的不良反应，最常见的就是消化系统的症状，比如恶心、呕吐、食欲不振等情况，严重的还可能出现假膜性肠炎。对于青霉素类药物过敏的患者，使用阿莫西林也有可能会出现过敏的症状，包括起皮疹、胸闷、呼吸困难等情况。阿莫西林如果长期大量使用，还有可能会引起血液系统造血功能的异常，出现血细胞计数下降的情况，包括白细胞或血小板的减低。阿莫西林进入人体之后要经过肝脏代谢，阿莫西林也有可能导致药物性的肝损伤，引起转氨酶升高的情况。服用阿莫西林期间，有极少数的患者可能会出现中枢神经系统的症状，包括烦躁、焦虑、失眠等情况。
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