甲状腺炎常见的有两大类，慢性淋巴细胞性甲状腺炎叫桥本氏甲状腺炎和亚急性甲状腺炎，简称亚甲炎。桥本氏甲状腺炎的治疗是慢性过程，因为慢性的迁延，是逐渐发展到甲减的趋势。早期由于甲状腺激素TPOAb和TGAb抗体滴度的增高，可能出现一过性的甲亢，这种在甲亢期间可以采取小剂量的抗甲亢治疗。在晚期出现甲减的情况，可以用甲状腺素片替代治疗。对于TPOAb、TGAb增高的患者，西医是没有特别的办法治疗，可以不用给予关注，进而观察。也可以给予一定量的西药制剂控制TPOAb和TGAb，但是疗效有待于进一步的考察。有人认为慢性淋巴细胞性甲状腺炎与硒缺乏有关系。对于比较严重的桥本氏甲状腺炎，如果出现气道压迫，声音嘶哑，或者是怀疑合并有甲状腺癌的患者，可以采取手术治疗。亚甲炎的治疗，在甲状腺毒血症期首先选用糖皮质激素，还有非甾体类抗炎药缓解症状。对于甲状腺毒血症的治疗，不必要采用抗甲亢治疗，只是给予β受体的阻滞剂，可以对症治疗。对于后期出现一过性甲减的情况下，也可以小剂量给予甲状腺片的替代治疗，也可以不给治疗，看情况而定。对于出现终身甲减，需要甲状腺片的替代治疗。
这两种病都可以中医选择辨证治疗，在桥本氏甲状腺炎，调试身体状态缓解TPOAb、TGAb方面，中医还是有一定的特色，百令胶囊有这方面的研究，对亚急性甲状腺炎，考虑是病毒感染有关系，应用清热解毒，清肝泻火的药物可以有缓解的好处。至于选用中医治疗还是西医治疗，主张中西结合治疗是最好的方案，可以缩短病情的疗程，尤其是亚急性甲状腺炎，可以缩短疗程，防止复发。桥本氏甲状腺炎因人而异，在病情轻的情况可以不用管治疗，病情比较重的情况下稍微对症治疗即可。
