手足口病可以通过呼吸道飞沫传播，也可通过手的密切接触传播，感染者的分泌物、呼吸道分泌物以及粪便，还有疱疹液都可能是携带病毒，所以要通过呼吸道隔离以及接触隔离这两个途径来避免感染。当然最好还是将患者隔离开，切断传播途径和保护易感人群。在呼吸道管理方面要是开窗通风，降低空气中的病毒量，通过手卫生，勤洗手，尤其是在处理完患儿呕吐物、排泄物以及呼吸道分泌物以后，要及时的洗手。
手足口病是肠道病毒感染引起，肠道病毒最常见柯萨奇，包括A6、A16、A10以及EV71病毒。现在已经有EV71的疫苗，可以预防EV71感染引起的手足口病，但是这个疫苗不能预防柯萨奇病毒引起的手足口病，所以接种疫苗只是一步，其次还是要做好切断传播途径办法。
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