眼肌瘫痪经受损时发生眼球运动障碍（眼肌瘫痪）及瞳孔散缩功能异常。眼球运动神经的损害可分为周围型、核型和核上型三种。下面是鉴别诊断。
周围型病变
周围型病变表现为眼球运动受限、斜视和复视。动眼神经完全性麻痹时，出现上睑下垂、眼球外斜、瞳孔扩大、对光反应及调节反应消失。患眼外斜是 因内直肌瘫痪，外直肌失去拮抗作用所引起。患眼不能向上、向下或向内运动，但仍能稍向外下运动，因上斜肌尚正常之故。瞳孔扩大是因缩瞳纤维麻痹所引起。又因睫状肌的瘫痪引起晶状体的调节障碍，以致近视模糊。
核型病变
核型病变核型眼肌瘫痪的特点为：
1、动眼及滑车神经核性麻痹大多是双侧性的，但往往不对称。
2、多合并有邻近组织的损害，如动眼神经核的受损大多合并有内侧纵束的损害，出现眼内、外肌瘫痪和两眼的同向运动障碍；外展神经核受损时，常合并有患侧的面、三叉神经麻痹，两眼的同向运动障碍。
3、选择性地只损害部分眼肌的功能，产生所谓分离性眼肌瘫痪。
4、可出现双侧瞳孔对光反应消失，而调节反应仍存在。
5、常合并长束（锥体束、感觉束）损害的体征。
核上型病变
核上型病变核上型眼肌瘫痪时，产生两眼联合运动障碍，双眼不能协同向上、向下或向一侧转动，称凝视麻痹。最常见者有两眼同向水平注视麻痹和两眼同向垂直运动麻痹两种类型。
