近年证实伪膜性肠炎患者粪中分离出的难辨梭状芽孢杆菌，能产生具细胞毒作用的毒素（toxinB）和肠毒作用的毒素（toxin A），前者是伪膜性肠炎的重要致病因素。这些毒素均可使仓鼠发生致死性回盲肠炎。毒素可造成局部肠粘膜血管壁通透性增加，致使组织缺血坏死，并刺激粘液分泌，与炎性细胞等形成伪膜。在健康人群的粪便中，难辨梭状芽孢杆菌阳性率约5％，住院病人携带率约13％，无症状的克隆病患者约8％。在50％新生儿及15％～40％的婴儿粪中，虽可分离出此菌，甚至可有毒素产生，但并无致病作用。
难辨梭状芽孢杆菌为厌氧的革兰氏阳性菌，约6～8×0．5μm，芽孢较大，呈卵圆形，位于菌体顶端。动物实验中，乳酸杆菌可降低本菌的毒力，另其他梭状芽孢杆菌可使其毒力加强。
广谱抗生素应用之后，特别是林可霉素、氯林可霉素、氨基苄青霉素、羟氨苄青霉素等的应用，抑制了肠道内的正常菌群，使难辨梭状芽孢杆菌得以迅速繁殖并产生毒素而致病。本病也可发生于手术后，特别是胃肠道癌肿手术后，以及其他有严重疾病如肠梗阻、恶性肿瘤、尿毒症、糖尿病、心力衰竭、败血症等患者，这些病例一般抗病能力和免疫能力极度低下，或因病情需要而接受抗生素治疗，机体的内环境发生变化，肠道菌群失调，有利于难辨梭状芽胞杆菌繁殖而致病。
难辨梭状芽孢杆菌及其毒素为本病致病因素，但粪中毒素的效价高低与病情的轻重并不平行。由此说明该菌毒素并非影响疾病严重程度的唯一因素。
