胆管结石的手术方式包含胆总管切开取石，以及肝的部分切除手术。在进入腹腔后先把胆管打开，通过取石钳将胆管内的结石取净。对于某些结石比较大或者嵌顿的患者，还需要通过胆道镜、取石网等一系列的操作器械，从胆总管内将结石取净。
但针对远端胆管的肝内胆管结石，通过胆道镜仍然无法将结石取净，有可能需要行肝脏的部分切除，才能达到根治结石的目的，这一类的患者必须行肝脏的部分切除，再结合胆管的切开取石，以便能够取尽结石。胆管结石在手术后也要注意定期的复查、随访，因为胆管结石有一定的复发概率，所以要随访，以便能够早期的治疗和处理。
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