穴位埋线疗法的副作用主要有以下几点：
1、损伤血管：如果埋线时针刺过深，可能会损伤血管，尤其扎到血管后直接将线推进去，会造成比较大的影响，所以埋线时建议避开血管、神经丰富处进行埋线；
2、过敏现象：穴位埋线的线通常是羊肠线，属于蛋白线，部分人对蛋白会产生过敏现象。临床上部分人也会出现过敏现象，局部出现红肿、疼痛，出现包块甚至全身发热症状。所以一般埋线前会问患者是否对蛋白过敏，过敏体质一般不建议埋；
3、形成包块：瘢痕体质人群对线常年不吸收，就会形成包块，只能埋一次，因为再埋包块会越来越多。
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