幽门螺杆菌的治疗需要三联或者四联方案，目前因为抗生素耐药的提高，通常采用四联方案，14天的疗程来根除幽门螺杆菌。四种药物当中包括质子泵抑制剂，如雷贝拉唑、艾司奥美拉唑、泮托拉唑、兰索拉唑等等，再加一种铋剂，如胶体果胶铋、丽珠得乐等等，再加两种抗生素，如果青霉素不过敏优先选用阿莫西林。
再加另外一种抗生素可供选择的，有克拉霉素、甲硝唑、呋喃唑酮、四环素、左氧氟沙星等等。在结束了两周的抗菌药物治疗之后停药一个月，复查碳13或碳14呼气试验明确是否根除成功，成功率大约在60%-70%左右。若根除失败，建议三个月之后再进行第二次根除。
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