患者检查脑垂体病变时，通常首选核磁共振检查。因为脑垂体的结构较为复杂，而且位置较小，核磁共振有专门针对脑垂体的序列进行检查，因此核磁共振检查对脑垂体的大小、质地、密度是否均匀，以及脑垂体与周边的关系如何，另外脑垂体对周边的蝶鞍和其他软组织血管是否出现破坏，相对观察得较为清楚。因此怀疑患者出现垂体病变时，应该首选脑核磁检查，而且要首选脑核磁中的脑垂体系列检查。
由于CT检查没有单独的垂体序列程序，因此只能观察到垂体的大概情况，但是如果垂体和周围出现出血，CT检查较脑核磁更为清晰，而且CT检查能够观察到蝶鞍和附近的骨头发生的变化，如斜坡骨折、蝶鞍断裂、骨折、蝶骨骨折等。因此建议患者必要两者都需要进行检查，但是检查的最终结果以核磁作为诊断依据。
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