二甲双胍的副作用，在临床上最常见的不良反应是消化道不适，患者可能会有恶心、呕吐、腹痛、腹泻，或者是食欲不振的表现。一般患者都可以耐受，但是本人曾经注意到有的患者因为腹痛而不能耐受，有的患者因为腹泻次数太多而不能耐受。如果能耐受的患者，比如可以从小剂量开始逐渐增量，患者在2-3周左右，不良反应就自然消失。
有一个罕见的不良反应，叫乳酸酸中毒，这个发生的很少，但是发生的情况比较危急，现在确实发生的比较少，主要注意有低氧血症的患者不要应用二甲双胍。其他的不良反应，比如肝功或者皮肤的相关不良反应，都非常罕见。
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