感染HIV病毒之后潜伏期会很长，平均可以达到6-8年，部分患者甚至于更长的时间，潜伏期在一年以下者比较少见。婴幼儿、新生儿感染艾滋病病毒时由于免疫功能不健全，故潜伏期会很短，一般在一年左右，通过有效的抗病毒治疗，还可以延长潜伏期。
HIV病毒感染之后不会马上出现临床症状，通常会经过2-4周的窗口期，之后会出现急性HIV病毒感染的症状，以及急性免疫功能损伤的症状，常见症状是发热、腹泻、皮疹、乏力、盗汗、关节疼痛、淋巴结肿大及神经系统症状。急性期症状一般是1-3周，之后就进入潜伏期，潜伏期长短与感染艾滋病病毒的数量、毒力以及传播方式和机体免疫状态等直接相关。
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