咽口水时耳朵疼主要是两方面的病变引起的：
一、由于咽部的病变，比如咽炎、扁桃体炎，在吞咽的时候都可以引起耳朵疼，还有咽部肿瘤，特别是恶性肿瘤在吞咽的时候也会引起耳朵疼；二、咽鼓管功能障碍，咽鼓管的功能异常也会引起吞咽的时候耳朵疼，比如咽鼓管不通、堵塞，由于鼻炎、鼻窦炎、鼻息肉、腺样体肥大等原因引起的咽鼓管堵塞，这个时候吞咽就会出现耳疼。
所以一旦出现吞咽的时候耳痛应就诊于耳鼻咽喉头颈外科，做相应的耳部及咽喉部检查来找到疾病的原因。
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