大便时肛门疼痛、出血往往提示存在肛肠疾病，主要是在肛门直肠附近出现病变，常见于肛裂。另外，外痔、肛瘘都可能引起大便时肛门疼痛、出血。所以如果存在排便时肛门疼痛、出血，需要去肛肠科进行检查，明确是否存在痔疮、肛裂、肛瘘。
普通门诊的肠镜检查不一定检查肛门，因为肛门疾病属于肛肠科的范畴。在分科比较细的三甲医院，对于肛裂、外痔等疾病需要到肛肠外科，使用特殊的肛门镜或者直肠镜检查。
