通过自身抗核抗体谱的筛查，可以对多种自身免疫性疾病进行诊断，或者鉴别诊断。因为不同的自身免疫性疾病，会在抗核抗体谱中表现出不同抗体的阳性，比如系统性红斑狼疮，可以出现ANA抗体、抗史密斯抗体、抗dsDNA抗体的阳性。
干燥综合征的患者则主要以抗SS-A抗体、抗SS-B抗体，以及Ro-52抗体阳性为主。其他的风湿免疫类疾病，比如肌炎、皮肌炎、系统性硬化、自身免疫性肝病等等，都可以通过自身抗体谱的检测来进行诊断，或者鉴别诊断。
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