肛瘘手术不要求无菌，因创口本身属于污染性有菌创口，故每次换药或者自行清洗时，不需要把肛瘘创口清洗到无任何分泌物，否则容易导致疼痛。肛瘘术后往往需要用清热解毒的中药坐浴，把肛瘘创口泡到药水里进行清洗、坐浴，每次20分钟。术后第1周，高位肛瘘一天坐浴2-3次，轻度的肛瘘一天坐浴1次即可。
肛瘘术后坐浴能达到清洗伤口、清热解毒、减少炎性分泌物刺激创口的作用，所以是肛瘘术后最重要、最好的护理方法。肛瘘手术创口与瘘管大小有关，小瘘管创口比较小，但大瘘管或者高位复杂性肛瘘创口非常大，分泌物非常多，尤其是在高位挂线的肛瘘，而且非常臭。总而言之，肛瘘术后创口没必要擦得非常干净。
