肝管结石根据结石部位可以分为肝内胆管结石和肝外胆管结石，每个部位的结石处理方式是不同的。肝外胆管结石通常是可以引起临床症状，如疼痛、黄疸、炎症、肝功异常等，需要尽早的积极处理。可以通过手术、ERCP、胆道镜、PTCD等方式取石。肝内胆管结石根据结石部位处理方式也是不同的，如果是局限在一个肝段或肝叶的结石，比如左外叶或任何一个肝段的结石。可以行肝段或者肝叶精准切除，这样既可以去除病灶，又可以更最大限度的保留正常的肝脏组织。对于肝内局限的或分散的肝内胆管结石，如果没有引起肝功能异常、肝脏萎缩等症状可以随访观察。
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