多指畸形原因很多，首当其冲是遗传因素，很多家族性遗传病例发现，父母、爷爷、奶奶可能伴有多肢畸形，跟基因突变有关。现被证实基因在多指行程发挥重要作用，基因受到影响后，无论是在染色体水平还是基因突变水平发生变化，都会引起多指畸形产生。第二个因素比较常见的是环境因素，现在雾霾很多，环境因素通过影响基因表达水平产生相关的畸形，其中包括多指畸形。当然也可能还有放射性因素，如果孕期接受射线检查，甚至过度暴露射线环境中产生多指畸形。内分泌因素也可导致多指畸形发生，如果父母有糖尿病会增加多指畸形发生率。还有些因素是现在还不能完全知道，需要医学进一步探索研究。
