病毒性肺炎的病原体检测，可以检测病毒的抗体，如特异性的IgG和IgM抗体，比如巨细胞病毒、风疹病毒、单纯疱疹病毒1型、单纯疱疹病毒2型，还有弓形虫。也可以进行病毒的分离，还可以用高通量测序或者是RTPCR的方法，检测病毒的核酸。
现在流行的新型冠状病毒肺炎检测方法，病原学的检测通常采用RTPCR或者高通量测序的方法。在鼻咽拭子、痰和其他下呼吸道分泌物、血液、粪便等标本中，可以检测到新冠病毒核酸。检测下呼吸道标本的时候更加准确，当然也可以检测特异性IgG、IgM抗体，但是发病一周以内阳性率比较低。
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