干细胞脂肪填充的副作用主要有两个：
1、血管栓塞，操作者在脂肪注射的过程中，没有严格按照操作规程在注射前回抽，有可能将脂肪注入到血管中，小血管血管腔堵塞其供血部位的局部皮肤会发黑，患者会感到疼痛；大血管比如眼动脉，患者可以立即失明；
2、脂肪液化，干细胞脂肪是经过优质处理过的脂肪，脂肪成活率在90％左右，会有10%左右的脂肪无法成活，无法成活的脂肪有一部分会随着代谢排出体外，剩余的有可能发生液化，患者的皮肤会凹陷，还有可能有流液、流脓并会感到疼痛、局部红肿。
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