在治疗甲沟炎之前，首先要明确甲沟炎的发病原因，明确是真菌还是细菌感染诱发的甲沟炎。如果本身有脚气或灰指甲的情况，考虑真菌感染诱发，可以到皮肤科查真菌。如果真菌镜检结果为阳性，则可以确定诊断。如果真菌结果为阴性，大多是由细菌感染引起。对于真菌感染的情况，可以考虑外涂盐酸特比萘芬、酮康唑、伊曲康唑、联苯苄唑等进行抗真菌治疗。如果是由细菌感染引起，可考虑外涂夫西地酸、克林霉素、红霉素等进行抗感染治疗。还要注意穿宽松、透气的鞋子，避免发生甲沟炎的部位长期挤压，造成炎症加重，还要注意剪指甲不要过深。
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