不同的肺部疾病治疗方法也不同，例如咳嗽变异性哮喘的患者可口服多索茶碱、氨茶碱达到平喘的目的，可吸入糖皮质激素，例如信必可或者是舒利迭，可口服白三烯调节剂，例如孟鲁司特钠，慢性阻塞性肺病的患者可根据病情采取抗感染、祛痰、平喘等综合性的治疗。肺结核的患者以口服抗结核药物为主，肺肿瘤的患者临床上以手术治疗为主，同时辅以放疗、化疗、靶细胞药物治疗或者是免疫治疗，肺栓塞的患者可根据病情采取溶栓、抗凝、介入或手术的治疗方法。
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