低位肛瘘可以做低位肛瘘切除术，这种手术一般相对来说比较简单，因为低位肛瘘的瘘管位置比较低，如果把它直接切除，不会损伤到过多的括约肌，这样对肛门的控便能力、排便能力基本上没有影响，就是说把瘘管完全切除了之后不会导致肛门失禁，没有肛门失禁的风险。
所以低位肛瘘常见的手术方式就是低位肛瘘切除术，这样做起来没有瘘管的遗留，做起来恢复起来也是比较彻底一些。如果是高位肛瘘，一般需要把位置低的这部分瘘管切除，然后位置高的这部分瘘管需要挂线处理，这样可以保护肛门括约肌的功能，不会导致肛门失禁。
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