甲亢转氨酶增高病因不同，有些人有自身免疫性的肝炎或病毒性的肝炎，合并甲亢。这个时候应该在积极的肝脏科医生的指导下，进行治疗，同时使用碘-131治疗甲亢。
若果是甲亢引起的肝损害，需要在密切观察甲功、肝功能情况下，使用肝脏毒性比较小的甲巯咪唑来治疗甲状腺功能亢进。在抗甲状腺药物使用过程当中，密切监测功能变化以及肝功的情况，使用保肝药物。通常甲亢引起的轻微的肝损害，随诊甲亢的好转，肝功能情况都会恢复正常。如果是抗甲状腺的药物引起的肝损害，要在医生指导下换用其它的抗甲状腺的药物，如果仍然是转氨酶增高，可能要停用抗甲状腺的药物，改用碘-131或手术进行甲亢的治疗。
