海绵肾肾脏结石处理起来比较棘手，因为海绵肾肾脏结石分布比较广泛，而且体积都比较小，往往积聚在肾脏的某个盏内也不容易排出，可以进行体外冲击波碎石，但是体外冲击波碎石需要长期随访。也有可能经过体外冲击波碎石以后无效，可长时间处在肾脏多发结石的状态。目前可通过输尿管软镜的方式进行手术处理，它是一种无创伤的处理方法，输尿管软镜由尿道进入输尿管、肾脏之内，寻找到结石予以清除，但是这种方法需要到当地较大的医疗中心进行手术处理，输尿管软镜的设备昂贵，并非每家医院都有软镜。海绵肾经输尿管软镜碎石也依赖于丰富有经验的专科医生，经皮肾镜手术或者开刀手术都不能彻底治疗海绵肾肾脏结石，不作为首选治疗。
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