儿童生长激素缺乏的诊断是根据临床诊断、临床表现，以及生化检查。儿童的生长激素缺乏可以由多种基因突变引起，可以由垂体或下丘脑病变造成单独的生长激素缺乏，也可以与其它垂体激素缺乏同时存在。首先，要确定是否身材矮小，按照百分位法或者是标准差法，另外要判断生长的速度，如果生长速度低于第25百分位也存在身材矮小、生长迟缓。
第一步评估的是生长障碍，不是由于生长激素缺乏的其它病因，包括慢性全身性疾病、甲状腺功能减退，对于女孩不要忘了特纳综合征和骨骼的疾病。主要通过全面的病史询问和体格的检查，要测定骨龄片和测定血液里面的血清胰岛素生长因子，通过测定骨瘤片帮助评估生长是否存在障碍。
对于怀疑单纯生长激素缺乏的儿童，要进行生长激素激发试验，推荐使用两种不同的激发试验确定，比如盐酸可乐定、精氨酸是儿童常见的选择。要通过甲状腺功能的测定，排除甲状腺功能的减退，因为甲状腺生长激素激发试验也存在着局限性。如果确诊生长激素缺乏，推荐进行下丘脑垂体区域的核磁检查，以排除肿瘤，探究生长激素缺乏的结构性病因，同时评估疾病的严重程度和预后。
