肛肠检查首先要选择合适的体位，常见的体位有侧卧位、截石位、膝胸位、蹲位还有俯卧位。首先进行肛门视诊，观察肛门的位置、颜色、有没有分泌物等，如果肛门周围可见肿物还应当注意肿物的形态、大小。其次可以行直肠指诊明确有没有直肠占位、直肠息肉或者直肠炎等病变。然后可以行肛门镜检查，必要时还可以行结肠镜检查来明确有没有肠道病变。所以肛肠检查是通过肛门视诊、直肠指诊还有一些辅助检查，比如内镜检查共同完成，如果怀疑肛门周围有脓肿，还应当行肛周彩超明确诊断。
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