自然状态（非人为目的造成）发生的流产，称为自然流产。在所有临床确认的妊娠中，自然流产的发生率约为15%左右。
造成自然流产的原因是多方面的：
1、染色体异常，包括夫妻染色体异常和胚胎染色体异常。常见的夫妇染色体异常为平衡易位、罗伯逊易位等。
2、母体内分泌失调，如黄体功能不全、多囊卵巢综合征、高泌乳素血症、甲状腺疾病（如甲状腺功能低下）、糖尿病。
3、母体生殖道异常，如子宫畸形、Asherman综合征、宫颈机能不全、子宫肌瘤。
4、生殖道感染，如细菌性阴道病或沙眼衣原体、解脲支原体感染等。
5、其他。不健康的生活方式与自然流产也有相关性，例如每天吸烟超过14支的女性，流产风险较对照组增加2倍；酗酒、过量饮用咖啡因以及环境因素，如有机溶剂和毒物等影响，都可以造成自然流产的发生。
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