巧克力囊肿一般都不会发生癌变，如果出现异常变化或者感觉，就需要警惕癌变的可能，比如巧克力囊肿增大而出现压迫症状，增长速度迅速，以及短期内有腹胀、腹部肿块、腹水的症状，还有巨大的卵巢肿瘤压迫横膈引起呼吸困难或者心悸的情况。
肿瘤合并大量的腹水，也可能是癌变的表现，出现腹部疼痛加剧，肿瘤向周围组织侵润或者压迫神经就出现腹痛、腰痛或者下肢疼痛等。或者患者在腹部摸到明显的巨大包块，伴有月经紊乱、胃肠功能紊乱的情况，就需要警惕癌变的可能，做进一步的检查来明确诊断。
