肾结石的微创手术目前用的比较多的有两种手术方式：一种是输尿管软镜钬激光碎石手术；另外一种是经皮肾镜碎石手术。
输尿管软镜手术是通过人的自然通道，也就是尿道，通过导丝的引导和镜鞘的引导，将输尿管软镜置入肾盂里，同时探查各个肾小盏寻找结石，用钬激光将结石击碎，后面靠患者自己排石。经皮肾镜手术是在体表做一人工通道，通向肾脏的集合系统，这对肾脏有一定的损伤，但是它的清石率比较高，结石击碎后，一般可以将绝大部分结石直接清除体外，术后残石率会比输尿管软镜有所下降，这两种手术方式各有利弊。
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