幽门螺杆菌感染的诊断方法分为侵入性和非侵入性两大类，前者需要做胃镜检查和胃黏膜活检，优点是同时可以确定存在的胃十二指肠疾病。后者仅提供有无幽门螺杆菌感染的信息，吸入性的检查包括快速尿素酶试验、组织切片染色、黏膜涂片革兰染色、微需氧培养、聚合酶链反应。
非侵入性的检查包括碳13或碳14尿素呼气试验、粪便幽门螺杆菌抗炎实验，以及检测血中抗幽门螺杆菌IgG的抗体。在幽门螺杆菌感染诊断上存在诊断方法种类多，各种方法有一定局限性以及临床和科研要求不同等问题。此外，不同医院的仪器设备条件也差异很大，因此应根据不同条件和目的做恰当选择。
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