大多数甲减的患者甲状腺激素水平正常以后是不能停药的，如果患者是亚急性甲状腺炎、一过性甲减期，如果应用了左甲状腺激素是可以停药的，因为大多数亚急性甲状腺炎的患者，都可以恢复至正常情况，大约只有3%的患者可能造成永久性的甲减，需要终身服用左甲状腺激素，而一般的甲减调至甲状腺激素正常后是不能停药的。
甲减最常见的病因是桥本甲状腺炎导致的甲状腺功能减退症，以及核素碘-131治疗以后、甲状腺手术治疗以后所产生的甲减。这两种情况都是由于甲状腺组织逐渐减少，合成甲状腺激素的场所减少导致的甲减。而桥本甲状腺炎发生的甲状腺功能减退症，是由于甲状腺组织逐渐被淋巴细胞所代替，所以合成甲状腺激素的场所减少导致，这三种情况发生的甲减都不能停药。
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