乙肝患者应用干扰素抗病毒治疗，所应用的干扰素目前《治疗指南》推荐应用聚乙二醇干扰素，每周注射一支，疗程48周。应用聚乙二醇干扰素抗病毒治疗，转阴的概率分为：乙肝病毒DNA转阴率和乙肝表面抗原转阴率。乙肝大三阳应用聚乙二醇干扰素抗病毒治疗，乙肝病毒DNA转阴率14%，停药后三年乙肝病毒DNA转阴率19%；表面抗原转阴率3%，停药后三年上升至11%。乙肝小三阳应用聚乙二醇干扰素抗病毒治疗时，乙肝病毒DNA转阴率明显提高，达到19%，表面抗原转阴率也是3%；停药后三年乙肝病毒DNA转阴率18%，表面抗原转阴率8%。
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