普通电子结肠镜检查会有疼痛感，是内脏疼痛，肠道蠕动特别快时，胃肠平滑肌的收缩、痉挛。这种疼痛与躯体的切伤、划伤、刺伤，疼痛不同，躯体的疼痛很尖锐，定位准确，而内脏的疼痛定位不准确，有时还伴有恶心。
电子肠镜检查，清醒的普通肠镜，疼痛程度与被检查者肠道的形态有关，如肠管皱褶比较少，操作时很容易进到回盲部，病人疼痛的感觉会轻。另外还可能与医生操作的经验有关，如果检查时总打气，疼痛会明显，因为对扩张肠壁会比较敏感。有些病人的肠管耷拉，导致锐角较大，进镜子时比较费劲，疼痛感觉可能会比较强，反而在内镜下进行活检、切割，没有明显的感觉。如果惧怕疼痛，也可以选择无痛结肠镜检查。
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