肾结核的致病菌主要是结核杆菌，结核杆菌主要来自于肺结核，也可以来诊骨关节结核、肠结核等其他脏器的结核。结核杆菌传播到肾脏的途径主要通过血行播散、尿路感染、淋巴感染、直接蔓延这4个途径。导致肾结核的致病菌是结核杆菌，当结核杆菌攻击人体引发疾病的时候，人体的免疫系统就会被激活，产生内源性的致热源，同时结核杆菌作为外源性的致热源和内源性致热源共同作用于人体的下丘脑，下丘脑可以调节人体的体温，使人体的体温的设定点发生改变导致发热。
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